Keefektifan Metode Isolasi DNA Kit dan CTAB/NaCl yang Dimodifikasi pada Staphylococcus aureus dan Shigella dysentriae

Abstract

Tujuan penelitian ini ialah mendeskripsikan keefektifan metode isolasi DNA bakteri Staphylococcus aureus dan bakteri Shigella dysentriae menggunakan metode QIAamp DNA Mini Kit yang dimodifikasi dan CTAB/NaCl yang dimodifikasi dengan parameter hasil berupa konsentrasi dan tingkat kemurnian sampel DNA. Modifikasi dilakukan dengan mengganti Proteinase K dengan amonium asetat. Data dianalisis secara deskriptif kuantitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode CTAB/NaCl yang dimodifikasi lebih efektif daripada metode QIAamp DNA Mini Kit yang dimodifikasi. Data yang diperoleh berupa data kuantitatif berupa konsentrasi dan tingkat kemurnian sampel DNA dan data semi kualitatif berupa visualisasi pita DNA. Konsentrasi dan tingkat kemurnian yang tinggi diperoleh pada sampel DNA hasil metode CTAB/NaCl yang dimodifikasi sebesar 2140,7 ng/µl pada S. aureusdengan tingkat kemurnian (A_260/280) sebesar 2,10 dan (A_260/230) sebesar 2,28 dan konsentrasi sebesar 988,6 ng/µl pada S. dysentriae dengan tingkat kemurnian (A_260/280) sebesar 1,81 dan (A_260/230) sebesar 2,10. Konsentrasi dan tingkat kemurnian yang diperoleh pada sampel DNA kedua bakteri uji hasil metode QIAamp DNA Mini Kit yang dimodifikasi rendah yaitu sebesar 1,0 ng/µl pada S. aureus dengan tingkat kemurnian (A_260/280) sebesar 1,49 dan (A_260/230) sebesar 2,01 dan konsentrasi sebesar 3,8 ng/µl pada S. dysentriae dengan tingkat kemurnian (A_260/280) sebesar 2,73 dan (A_260/230) sebesar 0,27. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa metode CTAB/NaCl yang dimodifikasi lebih efektif daripada metode QIAamp DNA Mini Kit yang dimodifikasi.

Kata Kunci: metode CTAB/NaCl; metode QIAamp DNA Mini Kit; modifikasi; Staphylococcus aureus; Shigella dysentriae